Tradycja nauczania duchownych w domu stradomskim sięga XVIII w. Bp Konstanty Szaniawski otworzył w nim seminarium w 1732 r. W 1801 r. władze austriackie zamknęły seminarium zamkowe i akademickie, a kleryków umieszczono w seminarium stradomskim. W 1901 r. kard. Jan Puzyna zdecydował o przeniesieniu seminarium diecezjalnego mieszczącego się w budynkach misjonarskich do nowego gmachu przy ul. Podzamcze. Misjonarze zdecydowali się umieścić w domu Stradomskim prywatne studium filozoficzno-teologiczne dla alumnów Zgromadzenia (istniało ono od 1884 r. w domu kleparskim w Krakowie).
W 1909 r. władze krakowskiej prowincji Zgromadzenia Misji podjęły starania, aby uzyskać dla tego studium prawa szkół akademickich.
Dwóch misjonarzy: ks. Wilhelm Michalski i ks. Franciszek Bączkowicz podjęło się trudu przeprowadzenia koniecznych zmian w dotychczasowym toku studiów.
Ks. Michalski, jako prefekt studiów misjonarskich, opracował raport, w którym wykazał, że program studium misjonarskiego jest zgodny z ustawami państwowymi obowiązującymi w Austrii w szkołach wyższych. Ks. Kard. J. Puzyna mianował ks. Infułata Marcelego Ślepickiego referentem odpowiedzialnym za zbadanie planu studiów i kwalifikacji wykładających profesorów. Po pozytywnej opinii konsystorza krakowskiego, senatu akademickiego i Wydziału Teologicznego „cesarsko-królewskie Ministerstwo Wyznań i Oświaty z nakazu Jego Cesarskiej Mości Franciszka Józefa I, reskryptem z dnia 8 lipca 1910 roku zezwoliło na organizację klasztornego teologicznego zakładu naukowego Ks. Ks. Misjonarzy (Lazarystów) w Krakowie w celu kształcenia wychowanków do stanu kapłańskiego”. Zatwierdzono jednocześnie plan nauk obowiązujących w Instytucie i wszystkich profesorów w nim wykładających bez wymagania egzaminów habilitacyjnych.
Byli to następujący kapłani:
- ks. Józef Kryska – teologia dogmatyczna;
- ks. Wilhelm Michalski – Pismo Święte;
- ks. Franciszek Bączkowicz – teologia moralna, prawo kanoniczne;
- ks. Jan Dihm – teologia pastoralna;
- ks. Jan Weissmann – teologia dogmatyczna;
- ks. Jan Jaworek – Pismo Święte;
- ks. Karol Michalski – teologia dogmatyczna;
- ks. Jan Rzymełka – historia Kościoła;
- ks. Jan Sosnowski – historia Kościoła;
- ks. Józef Pawłowski – filozofia scholastyczna;
- ks. Marceli Ślepicki – katechetyka;
Po I wojnie światowej odpowiadając na prośbę ze strony Zgromadzenia i uzyskaniu aprobaty Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Macieja Rataja, Marszalek Państwa Polskiego Józef Piłsudski zatwierdził w 1922 roku Instytut Teologiczny jako szkołę wyższą, którą umieszczono w wykazie obejmującym uniwersytety i szkoły wyższe, równorzędne uniwersytetom. Ministerstwo ponownie potwierdziło prawa Instytutu w 1929 roku, umieszczając go w rzędzie zakładów uznawanych przez Państwo Polskie. Prowadzenie uczelni wyższej zobowiązywało do troski o angażowanie do przeprowadzania wykładów odpowiednio przygotowanych specjalistów. Poza wymienionymi profesorami powstającego Instytutu należy wyliczyć następujących wykładowców:
- Ks. Konstanty Michalski – filozofia;
- Ks. Paweł Dylla – historia Kościoła;
- Ks. Józef Baron – prawo kanoniczne;
- Ks. Karol Rzychoń – apologetyka, teologia dogmatyczna;
- Ks. Franciszek Willim – Pismo św.;
- Ks. Hieronim Feicht – muzyka, teologia moralna, patrologia, historia Kościoła, katechetyka;
- Ks. Marian Stark – teologia moralna;
- Ks. Wendelin Świerczek – chorał gregoriański;
- Ks. Stanisław Kalla – patrologia;
- Ks. Franciszek Śmidoda – historia Kościoła, patrologia;
- Ks. Władysław Stawinoga – prawo kanoniczne, liturgia, rubryki;
- Ks. Wilhelm Szymbor – homiletyka, teologia pastoralna;
- Ks. Franciszek Bracha – teologia dogmatyczna;
- Ks. Hugo Król – misjologia;
- Ks. Norbert Kompalla – teologia moralna, prawo kanoniczne, historia Kościoła, patrologia;
- Ks. Antoni Baciński – historia Kościoła;
- Ks. Alfons Schletz – historia Kościoła;
- Ks. Aleksander Usowicz – głównie filozofia i psychologia;
- Ks. Ferdynad Machay – nauki społeczne;
- Ks. Stanisław Mazanek – katechetyka;
- Ks. Józef Tischner – filozofia.
Po II wojnie światowej w 1945 r. wizytator ks. Józef Kryska uzyskał ustne zapewnienie Ministra Oświaty Stanisława Skrzeszewskiego o uznaniu przez władze państwowe Polski Ludowej dotychczasowych praw Instytutu. Jednakże po wydaniu dekretu o organizacji nauki i szkolnictwa wyższego (28 października 1947 r.) nie potwierdzono tych praw, mimo czynionych starań. Od 1973 roku Instytut rozpoczął współpracę naukową z Papieskim Wydziałem Teologicznym, a od 1981 z Wydziałem Teologicznym Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie, dzięki czemu studenci Instytutu mogą zdobywać stopnie naukowe. Od 2009 roku współpraca ta jest realizowana z Wydziałem Teologicznym Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie. W murach Instytutu na początku kształcili się wyłącznie klerycy misjonarscy. Sytuacja zmieniła się w roku akademickim 1924/1925, gdy dołączyli do nich paulini. W następnych latach dołączyli kolejni alumni: augustianie (1929/1930), pijarzy (1931/1932), michalici (1937/1938), cystersi (1938/1939). Po II wojnie światowej pojawiły się następne wspólnoty m.in. zmartwychwstańcy, reformaci, saletyni. Obecnie wspólnotę Instytutu tworzą następujące wspólnoty Zakonów i Zgromadzeń: michalici, misjonarze, pijarzy, kanonicy regularni, augustianie, cystersi oraz alumni seminarium Cyryla i Metodego.
